Jazzová sekce vznikla po úředních jednáních probíhajících od roku 1969 ustavujícím sjezdem pod hlavičkou Svazu hudebníků ČSR 30.10.1971. Stala se tak nástupkyní celé řady pokusů o založení společné muzikantské a fandovské společnosti, které zde byly zakládány a posléze zakazovány už od druhé světové války. Tyto existenční problémy vycházely z přesvědčení totalitních režimů mít každou činnost dobrovolných spolků pod kontrolou po stránce ideologické i personální, což je v rozporu nejen se svobodomyslnou povahou jazzu, ale s demokratickými principy života obecně. Dobová situace nepřála jazzu také proto, že se jednalo o jeden z kulturních projevů zrozených v USA, v zemi, jež byla významným představitelem nepřátelského nekomunistického světa.
Jazzová sekce se stala dobrovolnou samoobslužnou společností s úkolem podporovat tuzemské jazzové dění a zprostředkovávat informace o novinkách na světové scéně. Proto záhy vznikl členský Bulletin JAZZ a následně celorepublikový festival Pražské jazzové dny. Dobový zájem o fúzi jazzu a rocku, rovněž pronásledování rockové scény v době tzv. normalizace Husákova režimu, vedly k tomu, že informační a koncertní činnost JS zahrnula i zajímavé proudy progresivního a alternativního rocku, později i směry soudobé hudby, a také nové proudy amatérské hudby. Zde je třeba připomenout, že činnost JS byla celou dobu pod dohledem státních kulturních orgánů a státní bezpečnosti kvůli rychle se zvětšující členské základně, nekontrolované publicistice a dramaturgie koncertů či přednášek. Po zákazu koncertní činnosti na přelomu 70. a 80.let se JS soustřeďuje na vydávání nově vzniklých edic, z nichž nejvýznamnější byly knižní řada JAZZPETIT a řada sešitů o tvorbě zakazovaných umělců SITUACE.
V roce 1984 byla činnost JS úředně zlikvidována na základě direktivního zrušení nadřízeného Svazu hudebníků. Pokračující činnost krytá kolektivním členstvím v International Jazz Federation při Hudební radě UNESCO nebyla státem uznána, na její působení bylo dále nahlíženo jako na ilegální. To vedlo k trestnímu stíhání členů výboru JS SH a jejich uvěznění. Odsouzení bylo postaveno na vykonstruovaném obvinění z nedovoleného podnikání, což soudní rehabilitace v roce 1991 prohlásila za nezákonné obvinění od samého počátku vyšetřování. Činnost původní Jazzová sekce spadající pod Svaz hudebníků ČSR prakticky zanikla v září 1986.
V letech 2016 – 2024 probíhá putovní VÝSTAVA Jazzová sekce 1971-1988